1622年7月5日（天启二年五月）的时候，荷兰人因为因为攻打澳门失败，所以第二次率军占据了澎湖。
并于1622年8月6日（阳历）的时候，派人前往明朝的福建漳州府送信，请求允许荷兰人在漳州贸易：
“随船带去用中文写给漳州官员的一封信，请求他们准许我们在那里贸易，和寻找适当地方驻扎。”（《东印度事务报告》）
但是显而易见的，明朝对这群“红毛夷”并不敢兴趣，所以福建巡抚商周祚一口回绝了。
“红夷自六月入我彭湖，专人求市，辞尚恭顺。及见所请不允。”（《明熹宗实录》）
于是，导致明军水师损失惨重的六敖海战，在荷兰人的突袭下爆发了。
1、明军惨败的六敖海战
当然，明朝福建巡抚商周祚的回复，是不可能那么高效快速的。等到他给荷兰人寄去回信的时候，已经过去两个月了；荷兰人一直在澎湖等到十月，才得到明确拒绝通商答复。
这份决议是福建巡抚商周祚，以及其他将领多方商议的结果，不但拒绝了荷兰人的贸易请求，还要求他们立马撤离澎湖岛。为此还做出了武力威胁，如果他们不马上撤离，明军就会派遣水师予以兜剿。
这下荷兰人可坐不住了，荷兰东印度公司的舰队司令雷约兹，决定先下手为强。他以明朝拒绝通商为由，单方面向明朝宣战，并率领部分舰队离开澎湖，寻找明军水师进行决战。
本来此次远征荷兰人一共有十六艘战船，以及一千多名士兵；但因为在澳门与葡萄牙交战受损，所以此次与明朝方面的作战，雷约兹只派出了八艘战船。
好巧不巧的是，八艘战船中的三艘战船，从澎湖出发前往福建的时候，还因为遭遇风暴被迫前往了东南亚。所以荷兰战船实际上，只有5艘到达了福建沿海，并伺机与明军作战。
1622年10月18日的时候，5艘荷兰战船抵达漳州以南的六敖港，并且在这里发现了明军战船。
于是六敖海战打响了。
海战是以荷兰舰队的偷袭开始的，雷约兹下令发动突袭；明朝方面，福建巡抚商周祚，就是这么向朝廷汇报的：
“突驾五舟犯我六敖。六敖逼近漳浦，势甚岌岌。”（《明熹宗实录》）
因为明军是被荷兰舰队突袭，所以没有做好战斗准备，导致明军损失惨重。
根据荷兰东印度公司的《东印度事务报告》记载，此战共摧毁明军船只80余艘：
“结果摧毁80艘帆船，其中包括26艘战船。俘获中国（明朝）人80名，缴获60门炮和许多武器。”
可见的确对明军水师造成了重创，而且有多人被荷兰俘虏，武器也被缴获不少。
荷兰舰队方面几乎没有损失。
另据参加过此战役的荷兰人威廉·庞德古，在其所著的《难忘的东印度游行记》中载，明军船只被摧毁六、七十艘，虽然这比东印度公司的报告要少一点，但对明军来说仍然是一场惨败。
关于明军的具体损失，商周祚自然不会汇报给朝廷，毕竟这是一场败仗。但从他所汇报的“势甚岌岌”可以看出，明军就差全军覆没了。
2、漳浦攻防战：明军的脆弱反击
六敖海战之后，为了逼迫明朝福建方面屈服，荷兰人继续在漳浦一带晃悠。并与明军爆发了多次零星战斗。
根据荷兰人的记载，漳浦一带的战斗，大概持续了二十多天。
在这二十天里，当地驻防的明军，与荷兰人大概是杀了个有来有去，并且成功击沉了一艘荷兰战船。
按照巡抚商周祚的报告，漳浦一带的反击战，明军是小有斩获的：
“该道程再伊、副总兵张嘉策多方捍御。把总刘英用计沈（沉）其一艇，俘斩十余名。”（《明熹宗实录》）
明军在政使司右参政程再伊，以及副总兵张嘉策的指挥下，总计击沉荷兰战船一艘，俘虏外加斩获红毛夷十多人，这样的战果已经不错了。因为占据澎湖的荷兰人，一共才900多人。这样的损失对于荷兰人来说，的确是稍微有些惨重的。
商周祚的上梳也很实诚，没有为了表功而夸张粉饰，这跟荷兰方面的记载能够相互照应。
其实商周祚还报少了，在围绕漳浦的多次战斗中，荷兰人的确损失了一条战船；但是损失的士兵总数，却超过了50人。
不过，荷兰人的战船倒不是被明军击沉的，而是截击明军战船时，被风浪吹翻沉没的。所以明军的战果主要是靠天给的，船上的荷兰人落水后，明军趁机进行了攻击。但可能风浪的确很大，所以明军连杀带抓，只有俘斩十多人的战功。其他荷兰人估计是直接葬身海底了。
所以尽管商周祚没有多报战功，但是直接把击沉荷兰战船的功劳，归功于把总刘英，也是的确有些粉饰的。另外被商周祚点名表扬的程再伊、张嘉策，说他俩指挥守御有方，多次应战荷兰人等等，基本就属于是官样文章了。
因为就在不到一年后，这俩人就双双被福建道御史周汝玑举报，说他们俩跟荷兰人勾结，甚至说他俩接受了荷兰人的贿赂。
“而程再伊以本道而媚座师，并以媚及其亲族，偏信副总兵张嘉策，勾引红夷，擅收金宝。”（《明熹宗七年都察院实录·天启三年十二月二十八日》）
至于副总兵张嘉策，事后更是多次被人举报，南京湖广道御史游凤翔就上梳称：
“副总兵张嘉策闭门自守，不肯应援；身不至海上，诡言红夷恭顺，欺罔旧抚。”（《明熹宗实录》）
在友军跟荷兰人作战的时候，张嘉策身为副总兵，非但没有前去助阵，反而坐守漳浦，不闻不问。不但没有亲自到前线作战，还跟上司商周祚撒谎说，红毛夷已经非常恭顺了。
其后福建右副都御史南居益，也上梳状告张嘉策胆小怯懦的无耻行径，认为应该直接罢免了他：
“副将张嘉策蓄缩不堪，所当革任。”（《明熹宗实录》）
所以尽管有巡抚商周祚站台，但这个张嘉策“多方捍御”荷兰人的功劳，基本上就是坐以待毙的状态。荷兰人的战船在漳浦一带游荡，张嘉策绝不会主动出击；荷兰人进攻的时候，张嘉策就龟缩在城内。所谓的反击其实真的很有限。
如果不是荷兰人的战船被风浪吹翻，福建巡抚商周祚还真不好收场；仗打得这么稀烂，乌纱帽还能保得住吗？所以真是得感谢上天保佑了。
因为在漳浦一带互有杀伤，但肯定还是明军损失更大，所以荷兰人又转移了战场。
3、中左所之战：荷兰人的疯狂报复
荷兰人离开漳浦一带后，在所谓的贱民带领下，直接攻占了中左所，也就是厦门岛。
“因奸民勾引，蓄谋并力，遂犯中左，盘据内港。”（《明熹宗实录》）
荷兰人之所以选择攻占中左所，主要还是因为这里有海商贸易，荷兰人垂涎这里的财富。
对于荷兰人的肆意妄为，商周祚记得也是脑门冒汗，调兵遣将的进行围剿。
“钦差镇守福建地方等处都督徐一鸣，督游击将军赵颇、坐营陈天策，率三营浙兵把总朱梁、王宗兆、李知纲等到此攻剿红夷。”（《攻剿红夷石刻》）
徐一鸣率领明军在中左所，多次与荷兰人交战，但始终不能将其驱逐出去。战况也是相当的激烈，甚至可以用惨烈来形容，按照商周祚的说法就是：
“无日不搏战。”（《明熹宗实录》）
估计在此期间，荷兰人也是付出了伤亡，所以他们就进入鼓浪屿，进行了疯狂的报复。
“该岛上有两座美丽的村庄，许多漂亮房舍。经营马尼拉贸易的中国巨商Eisan和Wangsan即住在岛上。所有出入的帆船均在此地装卸货物。我们的人将上述村庄，许多漂亮房舍和众帆船，无论大货船还是战船，均焚烧殆尽。”（《东印度事务报告》）
荷兰人在鼓浪屿内烧杀抢掠，无恶不作，里面的中国海商惨遭洗劫杀戮，损失不可谓不惨重。
这种海盗式的杀戮与掠夺，在荷兰士兵庞德古的《难忘的东印度游行记》记载中，体现更加彻底：
“居民（明朝百姓）都跑到一个碉堡里，我们（荷兰士兵）也追到那里去，……他们拼命想冲出来，但被我们挡住了，我们用刀砍他们的头……我们又把中国（明朝）人赶回碉堡，把他们全部杀死在那里。”
另据荷兰东印度公司的雇佣兵利邦，在其所著的《海商冒险回忆录》中，也提到了荷兰士兵的报复性烧杀行为：
“在中国（明朝）沿海和附近的岛屿，尽情烧杀、掠夺，看谁先受不了，是他们（明朝），还是我们（荷兰）。”
“我（利邦）又随舰队回到中国沿海，将我们（荷兰人）在沿岸所见的一切全部烧光……毁了他们很多的村庄、堡垒和大量的船。”
关于荷兰人在中左所，以及鼓浪屿的烧杀抢掠，福建巡抚商周祚也没有隐瞒，而是如实上报给了朝廷：
“又登岸攻古（鼓）浪屿，烧洋商黄金房屋船只。”（《明熹宗实录》）
虽然商周祚说得轻描淡写，但荷兰人的暴行确实铁的事实，明军对此也无可奈何。
直到明朝福建方面，开启与荷兰人的商贸谈判后，荷兰人报复行为才逐渐停止。
而新任福建巡抚南居益，率大军收复澎湖，则还要得到两年后，这就是另外一回事了。
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